|
Categories:
Topics:
Tools
Βλέποντάς το να αναπτύσσεται: δημιουργώντας ένα ψηφιακό έμβρυοSubmitted by celius on 02 November 2010
Μετάφραση από Αναστασία Πεχτελίδου (Anastasia Pechtelidou), Εκπαιδευτικός Β/θμιας Εκπαίδευσης, Βιολόγος-ΜΔΕ
Φανταστείτε ότι το Google Earth™ παίρνει νέες φωτογραφίες από δορυφόρο σε τακτά χρονικά διαστήματα, έτσι ώστε να μπορείς- όχι μόνο να παρατηρήσεις ολόκληρο τον πλανήτη και να μεγεθύνεις πάνω σε διάφορες χώρες ή πόλεις- αλλά και να γυρίσεις πίσω στη σειρά των φωτογραφιών και να δεις τι άλλαξε τα τελευταία 10 ή 20 χρόνια. Αντικαταστήστε τώρα τη Γη με ένα αναπτυσσόμενο έμβρυο ψαριού-ζέμπρα, συγκεντρώστε μερικές εκατοντάδες χιλιάδες στιγμιότυπα σε διάστημα 24 ωρών, και θα έχετε αυτό που οι επιστήμονες στο Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας (EMBL)w1 αποκαλούν «ψηφιακό έμβρυο».
Επειδή τα κύτταρα σε ένα αναπτυσσόμενο έμβρυο διαιρούνται και κινούνται συνεχώς, τα στιγμιότυπα πρέπει να λαμβάνονται σε πολύ μικρά διαστήματα ώστε να εντοπίζονται οι αλλαγές. Αυτό απαιτεί ένα μικροσκόπιο που συνδυάζει την υψηλή ταχύτητα απεικόνισης με την υψηλή ποιότητα εικόνας, ώστε να διακρίνει κανείς κύτταρα σε πολύ κοντινή απόσταση μεταξύ τους. Προκειμένου, φυσικά, να παρακολουθήσει κανείς την εμβρυϊκή ανάπτυξη, πρέπει τα κύτταρα να διατηρηθούν ζωντανά και υγιή σε μια περίοδο μιας ή δύο ημερών, και το μικροσκόπιο να μη βλάψει τη φθορίζουσα χρωστική που χρησιμοποιείται για το μαρκάρισμα των κυττάρων.
Η επόμενη πρόκληση ήταν να επινοηθεί ένας τρόπος για να αναλυθούν όλα τα δεδομένα όγκου τριών Tbytes για κάθε έμβρυο. Οι επιστήμονες διάλεξαν μια αυτοματοποιημένη προσέγγιση: χρησιμοποίησαν ταυτόχρονα παράλληλη συστοιχία ηλεκτρονικών υπολογιστών, τόσο στο EMBL της Χαϊδελβέργης όσο και στο Ινστιτούτο Τεχνολογίας της Καρλσρούης (Karlsruhe Institute of Technology) στη Γερμανίαw3. «Σε κάθε υπολογιστή δίνεται ένα στιγμιότυπο του εμβρύου, ώστε να αναζητήσει σε αυτήν την εικόνα τους κυτταρικούς πυρήνες», εξηγεί ο Philipp. Κάθε πυρήνας εκπροσωπεί ένα κύτταρο, άρα με συνδυασμό των πληροφοριών για όλες τις τομές, οι επιστήμονες μπορούν να παράγουν το ψηφιακό έμβρυο: μια οπτική αναπαράσταση όλων των εμβρυϊκών κυττάρων, όπου φαίνεται το πού βρίσκονται την κάθε στιγμή, πού μετακινούνται την επόμενη και το πότε και πού διαιρούνται. Το αποτέλεσμα είναι ένα τρισδιάστατο βίντεο του αναπτυσσόμενου εμβρύου με χρονοδιαλείμματα.
Αυτό επέτρεψε στον Philipp, την Annette και τον Jochen να ρίξουν φως στα διαφορετικά στάδια της εμβρυϊκής ανάπτυξης του ψαριού-ζέμπρα. Σε πολύ πρώιμο στάδιο το έμβρυο του οργανισμού αυτού είναι μια ομάδα κυττάρων που «κάθονται» στην κορυφή του λεκιθικού ασκού (την πηγή θρεπτικών του εμβρύου). Στην αρχή τα κύτταρα διαιρούνται σαν ένα κύμα που κινείται από το κέντρο προς όλες τις κατευθύνσεις, όπως ένα κυματισμός στο νερό. Η ανασύσταση έδειξε ότι- μετά τις πρώτες εννέα κυτταρικές διαιρέσεις- το πρότυπο της διαίρεσης μετατρέπεται σε ένα κύμα που κινείται από το κέντρο προς μία μόνο κατεύθυνση, και έπειτα διαχωρίζεται και συνεχίζει γύρω από την περιφέρεια σε δύο ημικύκλια (βλ. παρακάτω εικόνα και το βίντεο 10w2). Η γραμμή μεταξύ των δύο αυτών ημικυκλίων θα αποτελέσει αργότερα το σωματικό άξονα του ζώου, καθορίζοντας τη συμμετρία του σώματος. Έτσι, οι επιστήμονες ανακάλυψαν πως ο άξονας συμμετρίας στο ψάρι-ζέμπρα καθορίζεται σε πιο πρώιμο στάδιο κατά την ανάπτυξή του από ό,τι είχε αρχικά υποτεθεί, σε μια περίοδο όπου τα μητρικά γονίδια (στη μορφή αποθεματικών mRNA στο αβγό) χρησιμοποιούνται απλά ακόμη για την παραγωγή πρωτεϊνών.
Οι ερευνητές επίσης μελέτησαν τη γαστριδίωση, τη διαδικασία κατά την οποία τα κύτταρα από την αρχική μονή εξωτερική στιβάδα του εμβρύου μεταναστεύουν στο εσωτερικό, ώστε να σχηματίσουν τις υπόλοιπες δύο βλαστικές στιβάδες, και όλες μαζί να δώσουν τελικά τους διαφορετικούς τύπους ιστών. «Χρειάζονται αρκετές σελίδες σε ένα βιβλίο για να περιγράψεις αυτήν τη διαδικασία, αλλά όταν βλέπεις τις εικόνες από το ψηφιακό έμβρυο, ξαφνικά είναι τόσο ευκολότερο να καταλάβεις,» λέει η Annette. Επιπλέον, αυτή και οι συνεργάτες της ανακάλυψαν ότι τα βιβλία στην πραγματικότητα κάνουν λάθος. Υπήρχε μια διαρκής, κάποιες φορές ένθερμη, αντιπαράθεση στον τομέα αυτό από τη δεκαετία του 1980, σχετικά με το πώς τα κύτταρα μεταναστεύουν για να δημιουργήσουν αυτές τις στιβάδες. Η επικρατούσα βιβλιογραφική άποψη ήταν ότι τα κύτταρα υποστρέφονται- δηλαδή, μεταναστεύουν σε ένα άνοιγμα του εμβρύου και κυλούν ώστε να σχηματίσουν ένα στρώμα στην κάτω πλευρά, σαν ένα σκουφάκι κολύμβησης που καλύπτει το κεφάλι μας εσωτερικά. Ωστόσο, μερικοί επιστήμονες υποστήριζαν ότι μεμονωμένα κύτταρα της εξωτερικής στιβάδας απλά καταδύονται ή εισέρχονται, ακριβώς από το σημείο όπου βρίσκονται, ώστε να σχηματίσουν ένα στρώμα από κάτω.
«Πραγματικά επιλύσαμε το θέμα πολύ όμορφα,» λέει ο Jochen. «Τελικά όλοι είχαν δίκιο!» Εξαρτάται από το πού ψάχνει κανείς. Στη μια πλευρά του εμβρύου τα κύτταρα υποστρέφονται, ενώ στην άλλη πλευρά εισέρχονται (βλ. βίντεο 16w2). Η διαφωνία είχε ξεκινήσει επειδή διαφορετικοί επιστήμονες έψαχναν σε διαφορετικά τμήματα του εμβρύου. Εφόσον δε μπορούσαν να ξετυλίξουν την όλη διαδικασία, ήταν αδύνατο να επισημάνουν ακριβώς ποιο τμήμα μελετούσαν. Ξεπερνώντας αυτά τα εμπόδια, οι επιστήμονες του EMBL μπόρεσαν να αποκαλύψουν την αλήθεια. Οι επιστήμονες κοινοποίησαν τα ψηφιακά τους βίντεο στο διαδίκτυοw2, μαζί με εργαλεία ανάλυσης δεδομένων μικροσκοπίας για άλλους επιστήμονες. Και μετά τι; Με το Google Earth, εκτός από το ότι βλέπουν ολόκληρο τον πλανήτη και μεγεθύνουν σε διάφορα μέρη, οι χρήστες μπορούν να προσθέσουν τα δικά τους σχόλια και επισημάνσεις και να δουν αυτά που προστέθηκαν από άλλους. Παρομοίως, ο Philipp, η Annette, ο Jochen και ο Ernst οραματίζονται ότι τα ψηφιακά τους έμβρυα θα γίνουν αυτό που ονομάζουν «εικονικά έμβρυα»: πηγές όπου άλλοι επιστήμονες θα μπορούν να βλέπουν την αναπτυξιακή διαδικασία, να μεγεθύνουν για περισσότερες πληροφορίες και να προσθέτουν τα δικά τους σχόλια και αποτελέσματα. Στο απώτερο μέλλον, θα ήθελαν να επεκτείνουν το πεδίο του ψηφιακού εμβρύου και σε άλλα είδη, μιας και αυτό θα τους επιτρέψει να συγκρίνουν ποσοτικά την ανάπτυξη των διαφόρων εμβρύων, προσφέροντας πολύτιμη ώθηση στη μελέτη της εξέλιξης. Το ψηφιακό έμβρυο έχει πολλά περιθώρια ανάπτυξης, και καθώς πολλοί είναι αυτοί που είναι πρόθυμοι να βοηθήσουν, φαίνεται πως έχει μια πολλά υποσχόμενη ζωή μπροστά του. Μικροσκοπία φθορισμού ψηφιακής σάρωσης με ακτίνες λέιζερ (Digital scanned laser light sheet fluorescent microscopy- DSLM): Μια βελτιωμένη έκδοση της SPIM, η οποία χρησιμοποιεί μια λεπτή ακτίνα λέιζερ αντί για πλήρη δέσμη φωτός, με αποτέλεσμα τη μείωση της βλάβης τόσο για το δείγμα όσο και για τη φθορίζουσα χρώση. Γαστριδίωση: η φάση στην πρώιμη εμβρυϊκή ανάπτυξη, κατά την οποία δημιουργούνται οι τρεις βλαστικές στιβάδες: το εξώδερμα, το μεσόδερμα και το ενδόδερμα. Ο χρονισμός και οι μοριακοί μηχανισμοί της γαστριδίωσης διαφέρουν μεταξύ των οργανισμών. Γενετική σειρά: Μια γενετικά ομοιόμορφη ομάδα ζώων, που χρησιμοποιείται σε εργαστηριακά πειράματα. Μια γενετική σειρά μπορεί να δημιουργηθεί μέσω ομομειξίας, μετάλλαξης ή γενετικής μηχανικής. Μικροσκοπία φωταύγειας σε μονό επίπεδο (single-plane illumination microscopy- SPIM):Η μέθοδος αυτή επιτρέπει την τρισδιάστατη παρατήρηση των διαδικασιών που συμβαίνουν σε ζώντες οργανισμούς, ακόμη και σε βαθύτερα στρώματα ιστών. Ανιχνεύει τον φθορισμό σε γωνία 90° ως προς τον άξονα ακτινοβόλησης με τη δέσμη φωτός λέιζερ, επιτρέποντας την οπτική τμήση. Το δείγμα δεν τοποθετείται πάνω σε αντικειμενοφόρο πλάκα, αλλά σε ένα θαλαμίσκο γεμάτο υγρό, ο οποίος περιστρέφεται κατά την παρατήρηση. Το ψάρι-ζέμπρα ως ένας πρότυπος οργανισμός Για λόγους ηθικής, δεν είναι εύκολο να μελετήσουμε την πρώιμη (εμβρυϊκή) ανάπτυξη στον άνθρωπο. Προς διευκόλυνσή μας όμως, η διαδικασία είναι παρόμοια σε όλα τα σπονδυλωτά, έτσι άλλα ζώα χρησιμοποιούνται ως μοντέλα για την κατανόηση της δικής μας ανάπτυξης. Όμως γιατί το ψάρι-ζέμπρα; Τα οφείλουμε όλα στον George Streisinger, έναν Ούγγρο βιολόγο στο Πανεπιστήμιο του Όρεγκον στις Η.Π.Α. Στις αρχές της δεκαετίας του 1980, είχε την ιδέα να εφαρμόσει τις μοριακές τεχνικές, που είχε ήδη χρησιμοποιήσει στη μελέτη των ιών, στην εξιχνίαση της γενετικής και της ανάπτυξης των σπονδυλωτών. Όντας ψαράς από χόμπι, επέλεξε να δουλέψει πάνω στο ψάρι-ζέμπρα, το οποίο γνώριζε ότι είναι εύκολο στη διατήρηση και την αναπαραγωγή. Υπάρχει μια πλειάδα πρακτικών λόγων που κάνουν το ψάρι-ζέμπρα να είναι ένα ελκυστικό μοντέλο πρότυπου οργανισμού: πρώτον, είναι αρκετά μικρό ώστε να διατηρείται σε μεγάλο αριθμό που απαιτείται για γενετικές μελέτες, αλλά και αρκετά μεγάλο για κλασικούς εμβρυολογικούς χειρισμούς, όπως μεταμοσχεύσεις.
Αναφορές Keller PJ, Schmidt AD, Wittbrodt J, Stelzer EH (2008) Reconstruction of zebrafish early embryonic development by scanned light sheet microscopy. Science 322: 1065-9. doi: 10.1126/science.1162493 Αναφορές στο διαδίκτυο w1 – Για να μάθετε περισσότερα για το EMBL, το Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας, δείτε: www.embl.org w2 – Η ιστοσελίδα του Ψηφιακού Εμβρύου περιλαμβάνει βίντεο με την ανάπτυξη του εμβρύου του ψαριού-ζέμπρα: www.digital-embryo.org
w3 – Για περισσότερες πληροφορίες για το Ινστιτούτο Τεχνολογίας της Καρλσρούης, δείτε: www.kit.edu Πηγές Για περαιτέρω άρθρα του Science in School σχετικά με την εξέλιξη και την ανάπτυξη, δείτε: Hodge R (2006) A search for the origins of the brain. Science in School 2: 68-71. www.scienceinschool.org/2006/issue2/brain Για μια συλλογή διδακτικών και ερευνητικών πηγών σχετικά με την εμβρυϊκή ανάπτυξη, δείτε: http://people.ucalgary.ca/~browder/virtualembryo Για μία ολοκληρωμένη λίστα όλων των άρθρων που σχετίζονται με την εξέλιξη και έχουν δημοσιευθεί στο Science in School, επισκεφτείτε: www.scienceinschool.org/evolution Η Sonia Furtado γεννήθηκε στο Λονδίνο της Μ. Βρετανίας και μετακόμισε στην Πορτογαλία σε ηλικία τριών ετών. Ενώ φοιτούσε για το πτυχίο Ζωολογίας στο Πανεπιστήμιο της Λισαβόνας, εργάστηκε στο εκπαιδευτικό τμήμα του Ζωολογικού κήπου της Λισαβόνας. Εκεί ανακάλυψε πόσο της αρέσει να μιλάει στους ανθρώπους για την επιστήμη. Πήρε μεταπτυχιακό δίπλωμα στην επικοινωνία της Επιστήμης από το Imperial College του Λονδίνου, και τώρα εργάζεται ως υπεύθυνη τύπου στο Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας (EMBL) στη Χαϊδελβέργη της Γερμανίας. Αυτό το άρθρο δημοσιεύτηκε στην ετήσια έκθεση 2008-2009 του Ευρωπαϊκού Εργαστηρίου Μοριακής Βιολογίας, μια συλλογή από άρθρα σε πρόσφατα επιστημονικά θέματα. Ολόκληρη η έκθεση μπορεί να βρεθεί στον εξής τόπο: www.embl.de/aboutus/communication_outreach/publications. Για να λάβετε έντυπο αντίγραφο της ετήσιας έκθεσης, επικοινωνήστε στη διεύθυνση info@embl.org Κριτική Το άρθρο αυτό περιγράφει πρωτοποριακές εξελίξεις στην αναπτυξιακή βιολογία. Το ενδεχόμενο αποτέλεσμά τους- ένα εικονικό έμβρυο που θα μπορούσε να κοινοποιηθεί στην επιστημονική κοινότητα και να σχολιαστεί από διάφορους επιστήμονες, όπως ακριβώς προστίθενται φωτογραφίες και σχόλια στο Google Earth – είναι ένα λαμπρό παράδειγμα για το πώς τα ερευνητικά ευρήματα μπορούν να διαδοθούν, να σχολιαστούν και ίσως να επεκταθούν. Αυτό θα μπορούσε πολύ καλά να συνδεθεί με την ιδέα περί παγκόσμιας επιστήμης και επικοινωνίας που εμφανίζεται σε μερικά προγράμματα σπουδών. Υπάρχουν πολλά σε αυτό το άρθρο που θα ενθουσίαζαν κάποιους παθιασμένους φοιτητές βιολογίας. Η χρήση εξεζητημένης μικροσκοπίας στην ώθηση των επιστημονικών συνόρων μπορεί να εγείρει συζητήσεις σχετικά με το πώς η τεχνολογία καθυστερεί τις ανακαλύψεις, ή σχετικά με το πόση επιστημονική «γνώση» είναι εφήμερη και αβέβαιη, εξαρτώμενη από την τρέχουσα τεχνολογία. Η χρήση εμβρύων του ψαριού-ζέμπρα θα μπορούσε επίσης να εγείρει ηθική αντιπαράθεση. Είναι σωστό να πειραματιζόμαστε πάνω σε έμβρυα ψαριού; Τι γίνεται με τα έμβρυα θηλαστικών; Τι γίνεται με τα ανθρώπινα έμβρυα; Αυτό θα μπορούσε να οδηγήσει σε συζήτηση κάποιων νομικών προεκτάσεων αυτού του τύπου έρευνας. Γενικά, αυτό το άρθρο μπορεί να είναι χρήσιμο σε δασκάλους της βιολογίας, ώστε να επεκτείνουν τις δικές τους γνώσεις. Μπορεί επίσης να χρησιμεύσει ως επιπλέον βοήθημα- πιθανόν για μαθητές που παίρνουν μέρος σε ολυμπιάδες βιολογίας ή σε αυτούς που δίνουν συνέντευξη για πανεπιστημιακές θέσεις. Επιπρόσθετα, το μήκος του βίντεο είναι χρήσιμο στην απεικόνιση της εμβρυϊκής ανάπτυξης για οποιαδήποτε μαθήματα αυτού του αντικειμένου. Κατάλληλες ερωτήσεις κατανόησης περιλαμβάνουν:
Sue Howarth, Ηνωμένο Βασίλειο
|