|
Categories:
Topics:
Tools
Η ανθρώπινη εξέλιξη: Ελέγχοντας την μοριακή βάσηSubmitted by brown on 21 March 2011
Μετάφραση από Νίκος Σκουλίδης (Nikos Skoulidis)
Το DNA κάθε οργανισμού διατηρεί πληροφορίες σχετικές με την πρόσφατη και την παλιότερη ιστορία της εξέλιξής του. Μελετώντας τα μοτίβα και τις αλλαγές στις αλληλουχίες του DNA – συγκρίνοντας τις αλληλουχίες μεταξύ διαφορετικών ατόμων ή ειδών – μπορούμε να αποκαλύψουμε το τι έχει συμβεί σε αυτούς. Μπορούμε να βρούμε ποια γονίδια ή τμήματα του γονιδιώματος είναι πιθανόν να έχουν προσδώσει ένα πλεονέκτημα σε εκείνα τα άτομα και είδη που τα έχουν, επιτρέποντας την καλύτερη επιβίωσή και αναπαραγωγή τους (δες το γλωσσάρι για τους όρους με έντονα γράμματα). Στο προηγούμενο άρθρο (Bryk, 2010), περιέγραψα μερικά παραδείγματα από ευεργετικές τέτοιες γενετικές αλλαγές στον άνθρωπο και άλλους οργανισμούς. Είναι δύσκολο να δειχθεί ποιες αλλαγές είναι ευεργετικές, ειδικά στον άνθρωπο, αλλά ακόμη μεγαλύτερη πρόκληση είναι να δειχθεί ο μηχανισμός με τον οποίο αυτές οι αλλαγές θα μπορούσαν να έχουν βελτιώσει την επιβίωση και την αναπαραγωγή των οργανισμών. Σε αυτό το άρθρο, παρουσιάζω μια από τις προσεγγίσεις που οι επιστήμονες μπορούν να χρησιμοποιήσουν αρχικά για να αναγνωρίσουν περιοχές του γονιδιώματος μας που ίσως μας βοήθησαν στην επιβίωση και στην αναπαραγωγή, και μετά να ελέγξουν πως αυτές οι περιοχές έδωσαν στους απογόνους μας κάποιο πλεονέκτημα. Ένας από τους τρόπους που πιθανά ευεργετικές περιοχές τους γονιδιώματος μπορούν να αναγνωρισθούν είναι απλά συγκρίνοντας τις αλληλουχίες του DNA πολλών ατόμων από διαφορετικούς πληθυσμούς. Σε ένα πολύ απλό σενάριο, αν ένας από αυτούς τους πληθυσμούς βρίσκεται κάτω από πίεση επιλογής (για παράδειγμα, σε υψηλή υπεριώδη – UV – ακτινοβολία σε μια ηλιόλουστη περιοχή) που απουσιάζει στους άλλους πληθυσμούς, η υπεύθυνη αλληλουχία του DNA για την κατάλληλη προσαρμογή (για παράδειγμα, σκουρόχρωμο δέρμα) θα πρέπει να είναι διαφορετική.
Στην συντριπτική πλειοψηφία των περιπτώσεων, παρόλα αυτά, δεν γνωρίζουμε σε τι πιέσεις επιλογής έχουν εκτεθεί οι πληθυσμοί στο παρελθόν, ή ποιες γενετικές αλληλουχίες είναι υπεύθυνες για αυτήν την προσαρμογή. Ας ξεκινήσουμε λοιπόν, συγκρίνοντας το DNA μεταξύ ανθρώπινων πληθυσμών χωρίς καμιά υπόθεση για αυτό που θα βρούμε. Στην Εικόνα 1 φαίνεται μια τέτοια σύγκριση, για ένα απλό νουκλεοτίδιο του ανθρώπινου γονιδιώματος. Όταν τα άτομα έχουν διαφορετικά νουκλεοτίδια σε μια συγκεκριμένη θέση στην αλληλουχία του DNA, την ονομάζουμε απλό νουκλεοτιδικό πολυμορφισμό (single nucleotide polymorphism, SNP, προφέρεται 'snip')· τρία εκατομμύρια τέτοιες παραλλαγές έχουν καταγραφεί στη δημόσια διαθέσιμη βάση δεδομένωνw1, HapMap. Το SNP στην Εικόνα 1, rs3827760, is found in two variants or alleles: at that point in the sequence, one of two bases may be found – either thymine (T) or cytosine (C). Κάθε κύκλος στην εικόνα αναπαριστά έναν απλό πληθυσμό, και δείχνει την συχνότητα σε αυτό τον πληθυσμό των δύο δυνατών αλληλόμορφων. Το αλληλόμορφο που περιέχει την θυμίνη βρίσκεται σε όλα τα Αφρικανικά και τα περισσότερα Ευρωπαϊκά δείγματα, αλλά απουσιάζει σχεδόν τελείως στης Ανατολικής Ασίας και της Αμερικής, όπου η κυτοσίνη είναι η επικρατούσα (Sabeti et al., 2007, 2006; Xue et al., 2009). Αν κάναμε αυτή την σύγκριση για όλα τα υπόλοιπα τρία εκατομμύρια SNP από το HapMap θα μπορούσαμε να δούμε ότι η κατανομή των παραλλαγών του rs3827760 μεταξύ ανθρώπινων πληθυσμών είναι πολύ ασυνήθιστη. Έτσι το rs3827760 αξίζει μια πιο λεπτομερή ματιά, ακόμη και αν η κατανομή δεν μας λέει τίποτα για τα πιθανά προτερήματα των παραλλαγών (την προσαρμοστική τιμή τους), ή ακόμη και αν είναι τελείως προσαρμοστική. Αυτό που μόνο ξέρουμε μέχρι τώρα είναι ότι για κάποιο λόγο η αρχική θυμίνη που ήταν παρούσα σε αυτή την θέση στους προγονικούς ανθρώπινους πληθυσμούς της Αφρικής άλλαξε σε κυτοσίνη, και αυτή η αλλαγή εξαπλώθηκε μεταξύ των Ανατολικό-Ασιατών και των Αμερικάνων. Ακόμη και οι εκτιμήσεις του πότε αυτή η αλλαγή έγινε είναι πολύ ασαφής: κάπου πριν μεταξύ 1000 και 70 000 χρόνων, όλα τα άτομα στην Ανατολική Ασία είχαν την παραλλαγή της κυτοσίνης.
Δεν έχουν όλες οι αλλαγές της αλληλουχίας του DNA κάποια επίδραση στις αλληλουχίες των πρωτεϊνών: το περισσότερο από το SNP που έχει καταγραφεί στη βάση δεδομένων HapMap είτε δεν βρίσκεται σε τμήμα κωδικοποίησης του γονιδιώματος (π.χ. μεταξύ γονιδίων) είτε είναι συνώνυμα – που σημαίνει, ότι βρίσκεται στο τμήμα κωδικοποίησης του γονιδιώματος αλλά δεν προκαλεί κάποια αλλαγή στην αλληλουχία της πρωτεΐνης που κωδικοποιεί (δες την Εικόνα 4).
Στην περίπτωση του rs3827760 είμαστε τυχεροί, γιατί βρίσκεται στην περιοχή κωδικοποίησης του γονιδίου – προς το τέλος ενός γονιδίου που λέγεται EDAR, και που σχετίζεται με την ανάπτυξη των θυλακίων των τριχών, των ιδρωτοποιών αδένων και των δοντιών. Επιπλέον η αλλαγή της αλληλουχίας θυμίνη σε κυτοσίνη του DNA έχει σαν αποτέλεσμα την αλλαγή της αλληλουχίας της πρωτεΐνης: Οι Αφρικανοί και οι Ευρωπαίοι (που έχουν την παραλλαγή με την θυμίνη) έχουν το αμινοξύ βαλίνη στη θέση 370 της πρωτεΐνης, ενώ οι Ανατολικό-Ασιάτες και οι Αμεροκανοί (με το νουκλεοτίδιο κυτοσίνη) έχουν το αμινοξύ αλανίνη. Αυτό το τμήμα της πρωτεΐνης σχετίζεται με την αλληλεπίδραση με άλλες πρωτεΐνες και οι μεταλλάξεις είναι γνωστές ότι προκαλούν εξωδερμικές δυσπλασίες – αφύσικη ανάπτυξη των δοντιών, μαλλιών και ιδρωτοποιών αδένων – σε ανθρώπους και ποντίκια (δες την Εικόνα 5). Αυτό το γεγονός δείχνει ότι το αμινοξύ στη θέση 370 δεν αλλάζει μόνο την αλληλουχία της πρωτεΐνης αλλά και το πως η πρωτεΐνη δρα, επηρεάζοντας τα φυσικά χαρακτηριστικά του ίδιου του οργανισμού.
Στο σύνολό τους, αυτά τα ευρήματα δείχνουν ότι οι δύο παραλλαγές του SNP (που περιέχουν είτε θυμίνη είτε κυτοσίνη) ίσως επηρεάζουν την δομή αλλά και την λειτουργία της πρωτεΐνης EDAR, και ίσως οδηγούν σε φυσικές διαφορές στους ανθρώπους: διαφορές στο πάχος των τριχών και, πιθανά, στο μέγεθος των σιελογόνων αδένων. Οι διαφορές στις αλληλουχίες του DNA που παρατηρούμε είναι ιστορικές καταγραφές των φυσικών πειραμάτων, και εμείς μπορούμε μόνο να εικάσουμε την πίεση επιλογής που σε αυτή εκτέθηκαν οι Ασιατικοί και οι Αμερικανικοί πληθυσμοί, που προήγαγε την διάδοση του αλληλόμορφου με την κυτοσίνη. Αλλά ο συνδυασμός των μελετών του γονιδιώματος, τα εργαστηριακά πειράματα και τα μοντέλα με ζώα κάνουν δυνατό να ελέγξουμε υποθέσεις σχετικές με τους λειτουργικούς ρόλους των γενετικών διαφορών μεταξύ πληθυσμών ή ειδών. Χρησιμοποιώντας αυτές τις προσεγγίσεις, ίσως ανακαλύψουμε την μοριακή βάση των παρελθόντων προσαρμογών των προγόνων μας και άλλων οργανισμών, επισημαίνοντας πως προσαρμοζόμαστε σε ένα διαρκώς μεταβαλλόμενο περιβάλλον. Προσαρμοστική τιμή: ένα χαρακτηριστικό έχει προσαρμοστική τιμή αν βοηθάει ένα άτομο να επιβιώνει και να αναπαράγεται καλύτερα σε ένα δοσμένο περιβάλλον από άτομα που δεν έχουν αυτό το χαρακτηριστικό. Πιο επίσημα, ένα χαρακτηριστικό είναι προσαρμοστικό αν αυξάνει την αρμοστικότητα. Αλληλόμορφο: μια παραλλαγή ενός γονιδίου. Αρμοστικότητα: Ένας τυπικός όρος που είναι δύσκολο να ορισθεί από την εξελικτική βιολογία και την γενετική πληθυσμών· περιγράφει τον μέσο αριθμό των απογόνων μιας γενιάς που συνδέεται με ένα γονότυπο συγκρινόμενο με έναν άλλο γονότυπο σε ένα πληθυσμό. Αυτοί οι γονότυποι που παράγουν περισσότερους απογόνους έχουν μεγαλύτερη αρμοστικότητα. Γονιδίωμα: Το συνολικό DNA ενός οργανισμού. Συνήθως το θεωρούμε στα ευκαρυωτικά κύτταρα σαν το συνολικό πυρηνικό DNA, σε αντιδιαστολή αυτού που βρίσκεται στα μιτοχόνδρια ή πλαστιδιακό DNA. Για περισσότερες πληροφορίες, δες “Τι είναι το γονιδίωμα” στον ιστοτόπο της US National Library of Medicinew2. η φυσική επιλογή είναι ένας από τους μηχανισμούς της εξέλιξης· περιγράφει την διαφορά της επιβίωσης και αναπαραγωγής των ατόμων σε ένα δοσμένο περιβάλλον. Η φυσική επιλογή λέγεται 'θετική' όταν προάγει μερικά χαρακτηριστικά που βοηθούν τα άτομα να επιβιώσουν και να αναπαραχθούν καλύτερα από τα άλλαnatural selection is one of the mechanisms of evolution; it describes the different survival and reproduction of individuals in a given environment. Natural selection is called ‘positive’ when it promotes certain traits that help individuals to survive and reproduce better than others. Πίεση επιλογής: ένα χαρακτηριστικό του περιβάλλοντος (π.χ. Θερμοκρασία, παρουσία παρασίτων· η θηρευτικότητα και η επιθετικότητα από άλλα μέλη του ίδιου είδους) που δημιουργεί την διαφορετικότητα στην επιβίωση και αναπαραγωγή των ατόμων. SNP: ο απλός νουκλεοτιδικός πολυμορφισμός, ή το απλό γράμμα στην αλληλουχία του DNA που διαφέρει μεταξύ των ατόμων. Προφέρεται 'snip'. Αναφορές Bryk J (2010) Φυσική επιλογή στο μοριακό επίπεδο. Science in School 14: 58-62. www.scienceinschool.org/2010/issue14/evolution/greek
Chang SH et al. (2009) Enhanced EDAR signalling has pleiotropic effects on craniofacial and cutaneous glands. PLoS ONE 4(10): e7591. doi: 10.1371/journal.pone.0007591
Chunyan M et al. (2008) Enhanced ectodysplasin-A receptor (EDAR) signaling alters multiple fiber characteristics to produce the East Asian hair form. Human Mutation 29(12): 1405-1411. doi: 10.1002/humu.20795 Pongsophon P, Roadrangka V, Campbell A (2007) Μετρώντας Κουμπιά: αποδεικνύοντας την αρχή των Hardy-Weinberg. Science in School 6: 30-35. www.scienceinschool.org/2007/issue6/hardyweinberg/greek
Sabeti PC et al. (2006) Positive natural selection in the human lineage. Science 312(5780): 1614-20. doi: 10.1126/science.1124309
Sabeti PC et al. (2007) Genome-wide detection and characterization of positive selection in human populations. Nature 449: 913-918. doi: 10.1038/nature06250
Xue Y et al (2009) Population differentiation as an indicator of recent positive selection in humans: an empirical evaluation. Genetics 183(3): 1065-77. doi: 10.1534/genetics.109.107722 Αναφορές στο διαδίκτυο w1 – Το HapMap έργο είναι μια συνεργασία επιστημόνων και χρηματοδοτικών οργανισμών από τον Καναδά, Κίνα, Ιαπωνία, Νιγηρία, Ενωμένο Βασίλειο και ΗΠΑ για την ανάπτυξη δημόσιων πηγών που θα βοηθήσει τους ερευνητές να βρουν γονίδια που συνδέονται με ανθρώπινες αρρώστιες και την φαρμακευτική ανταπόκριση. Δες: www.hapmap.org w2 – Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με το γονιδίωμα και το Έργο του Ανθρώπινου Γονιδιώματος, δες “Τι είναι το γονιδίωμα” στον ιστοτόπο της US National Library of Medicine: http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/hgp/genome Πηγές Για να βρεις άλλα άρθρα σχετικά με την εξέλιξη στο Science in School, δες: www.scienceinschool.org/evolution Ο Jarek Bryk είναι ένας μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Ινστιτούτο Max Plank για την Εξελικτική Βιολογία στο Plön της Γερμανίας, που προσπαθεί να βρει και να αναλύσει προσαρμοστικά γονίδια σε ποντίκια. Κριτική Παρ' όλη την γνώση μας για την αλληλουχία του ανθρώπινου γονιδιώματος, η ακριβής λειτουργία των τεράστιων τμημάτων του και το πως και γιατί οι αλληλουχίες του DNA έχουν αλλάξει μεταξύ των πληθυσμών παραμένει ανεξερεύνητο. Η εξελικτική προσαρμογή στους ανθρώπους έχει προφανώς συμβεί αλλά είναι πολύ δύσκολο να το δείξουμε. Αυτό το άρθρο περιγράφει πως έχει εντοπισθεί μια τέτοια αλλαγή. Πειράματα με γενετικά τροποποιημένα ποντίκια έδειξαν ότι μια απλή αλλαγή βάσης στο DNA, που αλλάζει την αλληλουχία του αμινοξέων της πρωτεΐνης, οδηγεί σε αλλαγή στην δομή και στη λειτουργία της πρωτεΐνης. Αυτό μπορεί να έχει σαν αποτέλεσμα παραλλαγές στον φαινότυπο. Σε μαθήματα επιστημών, το άρθρο θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί όταν αναφερόμαστε στην χρησιμότητα των κωδικονίων και στον εκφυλισμό· στη δομή και λειτουργία των πρωτεϊνών· και στη γενετική πληθυσμών. Θα μπορούσε ακόμη να χρησιμοποιηθεί σαν βασικό ανάγνωσμα για τις διαφοροποιήσεις των ανθρωπίνων πληθυσμών ή σαν σημείο εκκίνησης για την έρευνα του Ινστιτούτου Sanger και του Έργου Χαρτογράφησης Ανθρώπινου Γονιδιώματος. Οι μαθητές θα μπορούσαν να συζητήσουν τα εξελικτικά πλεονεκτήματα, με αναφορά στην συγκεκριμένη παραλλαγή που περιγράφεται στο άρθρο. Αυτό θα μπορούσε να οδηγήσει σε συζήτηση για την επιλογή, την γενετική πληθυσμών και την ισορροπία Hardy-Weinberg. Για να συμπληρωθεί αυτή η συζήτηση υπάρχει μια έξοχη δραστηριότητα στο τεύχος 6 του Science in School (Pongsophon et al., 2007). Κατάλληλες ερωτήσεις κατανόησης περιλαμβάνουν:
Shelley Goodman, Ηνωμένο Βασίλειο
|